Nel 16° secolo la Riforma prese piede tra la nobiltà francese e la borghesia. La Francia si divise in due campi religiosi: la maggioranza della popolazione rimase fedele al cattolicesimo, ma una grande minoranza aderì alla Riforma.
La cattolica monarchia francese cercò invano di impedire la diffusione degli Ugonotti, protestanti francesi con tendenza calvinista. Una convivenza pacifica delle due confessioni era impossibile e una guerra non poteva essere evitata.
Le conseguenze furono il massacro di San Bartolomeo del 24/08/1572, dove vennero uccisi circa 10.000 ugonotti, e un totale di 8 guerre di religione, tra il 1562 e il1598, che vennero interrotte da accordi di pace non durevoli.
Simili alla successiva guerra dei trenta anni, le guerre di religione francesi non erano puramente guerre religiose. Apparentemente erano motivate dalla religione "giusta", ma anche lo sfondo dinastico e politico svolse un ruolo importante.
Solo l'Editto di Nantes del 30 aprile 1598 diede la pace reale agli Ugonotti assicurando loro la piena libertà di coscienza, un'organizzazione militare e politica rigida e 200 luoghi fortificati. La raggiunta coesistenza religiosa a poco a poco venne limitata in favore dei cattolici e, infine, abolita nel 1685 con l'Editto di Fontainebleau.
Agli ugonotti venne vietato con la pena di morte di praticare la loro religione e di emigrare. Tuttavia 200.000 ugonotti riuscirono a fuggire nei paesi protestanti, dove vennero accolti volentieri. Gli ugonotti rimasti in Francia si ritirarono nella Cevenne, una catena montuosa della Francia centro-meridionale, da dove combatterono duramente il re francese dal 1702 al 1705 (rivolta dei Camisardi). L'Illuminismo aiutò gli ugonotti con un trattamento più equo. Nel 1787 Luigi XVI emanò un Editto di tolleranza a loro favore, ma solo dopo l'entrata in vigore della Costituzione francese (1791), gli Ugonotti ebbero garantiti i pieni diritti civili.