Gli sforzi di Napoleone di legare gli Stati meridionali tedeschi o tutti gli Stati centrali tedeschi di più alla Francia, portarono nel luglio del 1806 alla costituzione della Confederazione del Reno. 16 principi della Germania meridionale e occidentale si allearono con la Francia il 12.7.1806 e riconobbero la sovranità francese, che tra l'altro ebbe come conseguenza l'obbligo di fornire soldati per le campagne di Napoleone; molti principi ebbero dei vantaggi e salirono di rango.
Della Confederazione del Reno facevano parte tra l’altro la Baviera, il Baden e il Württemberg. Nei due anni seguenti altri 23 Stati tedeschi (compreso il Granducato di Würzburg, il Regno di Sassonia, il Regno di Westfalia) aderirono alla Confederazione del Reno. Solo l’Austria, la Prussia, l’Holstein danese e la Pomerania svedese poterono evitare questo passaggio.
Il 1° agosto del 1806 gli Stati della Confederazione del Reno dichiararono la loro uscita dal Sacro Romano Impero che, poco dopo, con la deposizione della dignità imperiale di Francesco II e la sua dichiarazione della dissoluzione dell'Impero, ebbe la sua fine formale.
Con l'aiuto della Confederazione del Reno, Napoleone consolidò il dominio francese in Europa centrale. Politicamente la Confederazione del Reno causò un ammodernamento degli Stati tedeschi.
La Confederazione del Reno ebbe la sua fine nell'ottobre del 1813, dopo l'annessione della maggior parte degli Stati membri all'Alleanza austro-russo-prussiana nelle guerre di liberazione.
L'importanza di Napoleone per la trasformazione dell'Europa è indiscusso. Ha distrutto l'Europa dell'Ancien Régime e, allo stesso tempo, permise in Italia e in Germania, con cambiamenti territoriali, la nascita del moderno stato nazionale. In Francia, invece, influenzò profondamente l'organizzazione amministrativa, finanziaria e giuridica che in parte dura tutt'oggi.